Đợt thi này được tổ chức tại 27 Hội đồng thi (của 27 tỉnh/thành) cho 26.014 thí sinh. Trong đó, Hội đồng thi Sở GD&ĐT Đà Nẵng có số lượng thí sinh tham dự đông nhất, là 10.807. Hội đồng thi Sở GD&ĐT Quảng Nam có 9.103 thí sinh; Hội đồng thi Sở GD&ĐT Đắk Lắk có 5.396 thí sinh. Một số tỉnh như Sơn La, Nam Định, Hải Phòng, Kom Tum, Bà Rịa - Vũng Tàu, mỗi Hội đồng thi có 1 thí sinh tham dự.
Bộ GD&ĐT đề nghị các Hội đồng thi chủ động xây dựng phương án cho thí sinh thuộc đối tượng F1, F2 (nếu có) trong các ngày thi. Các Hội đồng thi có số lượng thí sinh ít, có thể tổ chức Hội đồng thi độc lập như đợt 1 hoặc phối hợp với các Hội đồng thi khác để tổ chức thi cho thí sinh.
Việc tổ chức chấm thi đợt 2 được Bộ GD&ĐT yêu cầu các Hội đồng hoàn thành chậm nhất vào ngày 10/9 và ngày 11/9 công bố kết quả thi.
Việc cấp giấy chứng nhận tốt nghiệp tạm thời, trả học bạ và các loại giấy chứng nhận (bản chính) cho thí sinh hoàn thành chậm nhất vào ngày 20/9. Công tác nhận đơn và tổ chức phúc khảo bài thi (nếu có), xét công nhận tốt nghiệp THPT sau phúc khảo, được thực hiện từ ngày 11/9 đến chậm nhất ngày 28/9/2020.