Theo đó, về mục tiêu: Chương trình chuyên sâu gồm các nội dung kiến thức, kỹ năng nhằm phát triển năng khiếu của học sinh đối với từng môn chuyên.
Về chương trình, thời lượng giảng dạy: Đối với các môn chuyên Toán, Vật lí, Hóa học, Sinh học, Ngữ văn, Lịch sử, Địa lí, Tiếng Anh, Tiếng Nga, Tiếng Pháp, Tiếng Trung Quốc thực hiện theo chương trình nâng cao với thời lượng tăng thêm 50% số tiết theo quy định để thực hiện chương trình chuyên sâu. Đối với môn chuyên Tin học thực hiện theo chương trình chuẩn với thời lượng tăng thêm 50% số tiết theo quy định để thực hiện chương trình chuyên sâu.
Về tài liệu dạy học: Đối với mỗi môn chuyên sử dụng sách giáo khoa theo chương trình quy định và tài liệu tham khảo được hướng dẫn cụ thể trong chương trình chuyên sâu.
Về kế hoạch dạy học: Việc thực hiện chương trình chuyên sâu phải đảm bảo không làm ảnh hưởng đến kế hoạch giáo dục được quy định tại Chương trình giáo dục phổ thông.
Việc đánh giá kết quả học tập của học sinh chuyên thực hiện theo Quy chế đánh giá, xếp loại học sinh THCS và THPT ban hành theo Quyết định số 40/2006/QĐ-BGD&ĐT ngày 5/10/2006 của Bộ trưởng Bộ GD&ĐT.
