Quy chế nêu rõ nguyên tắc phối hợp, tuân thủ pháp luật về kiểm tra, chỉ tiến hành kiểm tra theo kế hoạch kiểm tra đã được phê duyệt (trường hợp kiểm tra đột xuất phải có ý kiến của Giám đốc Sở GD&ĐT). Thực hiện bảo đảm đúng chức năng, nhiệm vụ được phân công của mỗi phòng thuộc Sở GD&ĐT.
Phối hợp chặt chẽ giữa hoạt động kiểm tra của các phòng thuộc Sở GD&ĐT; rõ người, rõ việc, rõ trách nhiệm, rõ sản phẩm; không làm cản trở đến hoạt động bình thường của đơn vị được kiểm tra… Trường hợp cần thiết và phù hợp có thể thành lập đoàn kiểm tra hỗ hợp gồm 1 số phòng trực thuộc Sở.
Đặc biệt, không kiểm tra quá 3 lần/năm và 1 lần/tháng đối với một đối tượng kiểm tra (trừ trường hợp kiểm tra đột xuất); kết hợp kiểm tra nhiều nội dung trong một đợt kiểm tra, trừ trường hợp kiểm tra đột xuất khi có đơn thư hoặc có dấu hiệu vi phạm pháp luật rõ ràng...
Thanh tra Sở GD&ĐT có trách nhiệm tham mưu cho Giám đốc Sở phê duyệt kế hoạch thanh tra giáo dục và định hướng nội dung kiểm tra hàng năm; gửi các phòng thuộc Sở để phối hợp thực hiện.
Đồng thời, chủ trì việc rà soát, xử lý chồng chéo giữa đề xuất kiểm tra của các phòng thuộc Sở GD&ĐT; chồng chéo giữa kế hoạch thanh tra với kế hoạch kiểm tra của Sở GD&ĐT; làm đầu mối tổ chức thực hiện các nội dung...
Sau mỗi đợt kiểm tra, Thanh tra Sở có trách nhiệm phối hợp với các phòng thuộc Sở GD&ĐT tổng hợp, báo cáo và tham mưu phương án xử lý, chấn chỉnh các hạn chế, tồn tại (nếu có) của các đơn vị với Giám đốc Sở GD&ĐT.
Cùng với đó, định kỳ hàng năm tổ chức họp với các phòng, các đơn vị để tổng kết tình hình, báo cáo Giám đốc Sở GD&ĐT kết quả phối hợp.
Đối với các phòng thuộc Sở GD&ĐT có trách nhiệm tổ chức quán triệt và thực hiện việc phối hợp với Thanh tra Sở GD&ĐT theo Quy chế và các quy định có liên quan; kịp thời đề xuất những giải pháp khắc phục khó khăn, vướng mắc trong hoạt động phối hợp kiểm tra.
Chuyển về Thanh tra Sở GD&ĐT các kế hoạch kiểm tra, báo cáo kết quả kiểm tra ngay sau khi phát hiện các tổ chức, cá nhân có dấu hiệu vi phạm pháp luật.
Trong quá trình thực hiện chức năng, nhiệm vụ được giao, các phòng cần kịp thời kiến nghị tiến hành kiểm tra khi phát hiện dấu hiệu vi phạm pháp luật hoặc thấy cần thiết. Chủ động phối hợp với Thanh tra Sở GD&ĐT trong việc nắm bắt tình hình các cơ sở thuộc phạm vi quản lý.
Ngoài ra, các phòng thuộc Sở GD&ĐT cung cấp thông tin thường xuyên cho Thanh tra Sở về tình hình hoạt động của các cơ sở giáo dục. Đồng thời, phối hợp với Thanh tra Sở giới thiệu đội ngũ cán bộ để trình lãnh đạo Sở GD&ĐT xem xét, quyết định trong việc đào tạo, bồi dưỡng và cử cán bộ tham gia đoàn kiểm tra.