Trường THCS Lê Quý Đôn được thành lập năm học 2015 – 2016. Khác với các trường THCS trên địa bàn huyện, Trường THCS Lê Quý Đôn hoạt động theo mô hình trường chất lượng cao. Theo đó, trường tiếp nhận HS trên địa bàn toàn huyện Phú Ninh thông qua hình thức thi tuyển hoặc xét tuyển. Đối tượng tuyển sinh là HS giỏi. Ngoài đảm bảo chương trình giáo dục phổ thông theo quy định của Bộ GD&ĐT, Trường THCS Lê Quý Đôn còn tổ chức giảng dạy một số tiết học nâng cao ở một số môn học.
Ngoài ra, GV và HS của Trường THCS Lê Quý Đôn được hưởng một số chính sách ưu đãi từ ngân sách của huyện Phú Ninh. Cụ thể: Mỗi HS được hỗ trợ 300.000 đồng/tháng cho chi phí học tập; HS thuộc diện hộ nghèo được nhận mức hỗ trợ 1 triệu đồng/tháng, hộ cận nghèo 830.000 đồng/tháng. Riêng HS của 2 xã Tam Lãnh và Tam Lộc được hỗ trợ tiền lưu trú với mức 250.000 đồng/tháng. GV được quy đổi một tiết dạy nâng cao bằng 1,5 tiết dạy bình thường và hỗ trợ thêm 30.000 đồng/tiết dạy.
Theo đánh giá của Sở GD&ĐT Quảng Nam, trong 6 năm hoạt động theo mô hình trường chất lượng cao, Trường THCS Lê Quý Đôn của huyện Phú Ninh đã gặt hái được nhiều kết quả khá tốt, nhất là chất lượng mũi nhọn, trở thành đầu tàu của ngành GD&ĐT huyện Phú Ninh.
Tuy nhiên, mô hình trường THCS chất lượng cao hiện không có trong Luật Giáo dục. UBND huyện Phú Ninh đề xuất 2 phương án đối với Trường THCS Lê Quý Đôn: “Phương án thứ nhất là dừng tuyển sinh và sáp nhập với Trường THCS Nguyễn Hiền. Đồng thời sử dụng cơ sở vật chất của Trường THCS chất lượng cao Lê Quý Đôn để thành lập một trường THPT trên địa bàn huyện. Phương án thứ 2 các ngành chức năng nghiên cứu căn cứ pháp lý để trường tiếp tục duy trì và phát triển” – đại diện UBD huyện thông tin.
Ông Hà Thanh Quốc – Giám đốc Sở GD&ĐT Quảng Nam cho biết: “Phú Ninh là địa phương đi đầu trong đầu tư, xây dựng mô hình trường THCS chất lượng cao, góp phần nâng cao chất lượng giáo dục, nhất là giáo dục mũi nhọn. Tuy nhiên, do mô hình trường THCS chất lượng cao không có trong Luật GD mà chỉ có trường THPT chuyên. Do không có căn cứ pháp lý để duy trì nên việc dừng hoạt động là tất yếu”.
Sở GD&ĐT cũng đề xuất nên sử dụng cở sở vật chất sẵn có của Trường THCS Lê Quý Đôn để thành lập một mới một trường THPT tại Phú Ninh.
