Nội dung sửa đổi, bổ sung chủ yếu tập trung vào việc thể chế hóa quan điểm đổi mới căn bản, toàn diện GD-ĐT của Đảng, mở rộng và nâng cao quyền tự chủ ĐH và trách nhiệm giải trình, đổi mới quản trị ĐH, đổi mới quản lý đào tạo tiệm cận với chuẩn quốc tế, đổi mới quản lý Nhà nước để thực hiện tự chủ ĐH nhằm nâng cao chất lượng đào tạo, đáp ứng yêu cầu của thực tiễn, trong điều kiện phát triển và hội nhập; phát huy những kết quả đã đạt được và khắc phục những hạn chế, bất cập trong quá trình thực hiện Luật GD ĐH năm 2012.
Trên cơ sở kết quả tổng kết thực hiện Luật GD ĐH năm 2012, Bộ GD&ĐT đã rà soát tổng thể Luật GD ĐH hiện hành để đề xuất các nội dung cần sửa đổi, bổ sung. Theo đó, Dự thảo Luật đã bao quát hết các vấn đề cần sửa đổi, bổ sung đối với Luật GD ĐH năm 2012 và các nội dung này đã được tích hợp trong 4 chính sách cần sửa đổi, bổ sung của Dự án Luật bao gồm: Mở rộng phạm vi và nâng cao hiệu quả tự chủ ĐH; đổi mới quản trị ĐH; đổi mới quản lý đào tạo; đổi mới quản lý Nhà nước trong điều kiện tự chủ ĐH.
Việc hoàn thiện khung pháp lý về GD ĐH tạo ra sự đồng bộ, thống nhất với các văn bản pháp luật khác trong toàn hệ thống để huy động mọi nguồn lực phát triển GD ĐH, nâng cao hiệu quả đầu tư của Nhà nước; đổi mới quản lý Nhà nước, đổi mới quản trị ĐH, quản lý đào tạo tiệm cận các chuẩn quốc tế; tạo điều kiện cho các cơ sở GD ĐH cạnh tranh bình đẳng, phát huy nội lực, linh hoạt, sáng tạo để nâng cao chất lượng GD ĐH.